Itten werd in Südern-Linden geboren, waar hij een opleiding genoot naar de methode van Fröbel. Hij kreeg een opleiding bij de kunstacademie in Genève, maar keerde terug naar Bern omdat hij niet onder de indruk van de Geneefse opleiders was.
Hij kreeg wat lessen van Eugène Gilliard, een abstracte kunstschilder. Tussen 1919 en 1922 gaf Itten les aan het Bauhaus. Hij publiceerde later het boek "Kunst en Kleur" dat zijn ideeën beschrijft over vooral compositie en kleur, gebaseerd op de kleurencirkel van Adolf Hölzel. De kleurencirkel van Itten omvatte twaalf kleuren.
Itten nam ontslag na een ruzie met Walter Gropius over commercieel werken binnen Bauhaus. Itten was van mening dat meditatie belangrijker was dan werken. Zijn werk lijkt op de latere op-art van kunstenaars als Josef Albers, Max Bill en Bridget Riley.
In 1925 stichtte hij in Berlijn de Johannes Ittenschule.
In 1938 moest hij Duitsland verlaten en ging hij in Amsterdam wonen. Uiteindelijk werd hij directeur van de Kunstwerbeschule in Zürich.
In 1957 organiseerde Willem Sandberg, directeur van het Stedelijk Museum in Amsterdam, die met een leerlinge van Itten was getrouwd en bevriend was met Itten, ter gelegenheid van de zeventigste verjaardag van Itten een overzichtstentoonstelling.
In 1966 kreeg Itten van de Nederlandse verffabriek Sikkens de Sikkensprijs voor de integratie van kleur en ruimte.
Op 25 maart 1967 overleed hij op 79-jarige leeftijd in Zürich.